Après le coup d’État franquiste de juillet 1936, Juan Carpallo était parvenu à gagner la zone républicaine où, le 16 octobre 1936, il participait en tant que secrétaire au Plenum comarcal de la CNT du Leon, tenu à Villamanin et présidé par Emilio Oricheta. A ce plenum auquel assitèrent des délégués de Pola de Gordon, Villamanin, Santa Lucia, Villa de Oro, Casares et Carmenes, furent nommés comme représentants de la CNT à la Délégation du gouvernement asturien pour le Leon, Antonio Gonzalez (ordre public) et Laurentino Tejerina (ravitaillement) et nommé un Comité comarcal de la CNT formé de Mariano Alvarez (secrétaire), Angel Izquierdo, Alfonso Molina, Agustin Juarez et Santos Bayon.

En 1945 Juan Carpallo était membre avec Juan Farago Yugueros, Jacinto Rueda Pérez et Adeidato Sanchez Cueto du Comité provincial du Leon de la CNT. Il fut arrêté en novembre 1945 avec les autres membres du Comité et de nombreux autres militants dont Emiliano Vega, Antonio Rodriguez Alvarez, Narciso Martinez Gonzalez « El Mondas, Herminio Diez Martinez, José Rey, Ismael Carro Pombo, Ildefonso Marcos, Felipe Serrador Berlanga, Inocencio Bertol Muerza, Julio Ordoñez, etc.