En décembre 1945 José Fernández Rodríguez faisait partie d’un groupe de vingt-huit antifascistes (19 membres de la CNT, 7 du PCE et 2 de l’UGT) arrêtés en mars à Algeciras et Cadix, jugés par un Conseil de guerre à Cadix. Dix huit peines de mort étaient prononcées, mais toutes étaient commuées en peines de trente années de prison. Arrêté dans la soirée du 8 au 9 mars 1945, José Fernández avait été torturé lors de son interrogatoire : dénudé, pieds et poings liés, il avait été battu et avait eu les testicules tordues par des membres de la Guardia Civil.

Parmi les accusés de ce Conseil de guerre figuraient entre autres Joaquin Serrano Duarte, Sebastian Pino Panal, Juan Gonzalez Morales, José Melendez Aldana, Francisco Cuaro Vicario, Adela Ruiz Guerrero, Joaquin Serrano Duarte, Andrés Rojas Cuenca, Domingo Hormigo Sánchez, Diego Pérez Ruiz, José Maria Bermejo Gómez, Juan Gómez Jiménez, Juan Corral Sánchez, Luis Quiros Ortega, José Marfil Ruiz, José Lillo Pérez, Julio Quintero Talavera, Martin Ruiz, Angel González González, Tomás Pizarro Benítez et Antonio Moya.