Après la proclamation de la République Juan Arnedo Jimenez militait dans le mouvement libertaire et à la CNT de Huesca (Aragon). En janvier 1932 il fut condamné à 2 ans de prison pour avoir placé un explosif sur la voie ferrée de Huesca à Tardienta et fut incarcéré à Alacala de Henares. En octobre 1934 il fut de nouveau emprisonné pour 2 mois pour « diffusion de presse clandestine ».

Au moment du coup d’État franquiste de juillet 1936, il était le président de la CNT de Huesca et participait aux combats de rues. Après l’occupation de la ville par les franquistes, il parvenait à gagner la Sierra et s’intégrait aux premiers groupes de miliciens qui tentaient de libérer la ville. Après la militarisation il fut commissaire d’un bataillon.

En avril 1939 il fut capturé dans la nasse d’Alicante et fut condamné à 30 ans de détention. Détenu tour à tour à Orihuela, Elche et Huelva, il fut remis en liberté provisoire en mars 1944.