C’est en 1928 que Sebastián Zapiráin Aguinaga avait adhéré au Parti Comuniste (PCE) dont il allait devenir l’un des leaders du comité régional des provinces basques. En 1932, après l’exclusion de José Bullejos, il était entré au Comité central.
Au moment du coup d’État franquiste de juillet 1936 il se trouvait à Madrid comme rédacteur du Mundo Obrero. Pendant la guerre Sebastian Zapirain avait été commissaire politique du IVe Corps d’armée et était parvenu en 1939 à s’embarquer à Alicante pour être évacué à Oran avec d’autres dirigeants communistes. Après un court séjour en URSS il avait été envoyé en Amérique latine où il devint le délégué du PCE à Santiago du Chili avec un contrôle sur l’Argentine.
En janvier 1945, muni de faux papiers chiliens, il embarquait comme marin à Buenos Aires avec comme destination Lisbonne. En avril il entrait clandestinement en Espagne, gagnait Madrid où il était rejoint par Santiago Alvarez Gómez –entré par Barcelone - et tous deux après avoir éliminé la tendance du parti représentée par Gabriel Leon Trilla et Jesus Monzon Reparaz, allaient prendre la direction du PCE au moment même où la police démantelait en partie l’infrastructure d’information et de guérilla du Parti.
Avec l’aide de Santiago Alvarez Gómez El Gallego, Sebastián Zapiráin Aguinaga réorganisait la Délégation nationale du PCE dont il devenait le secrétaire national ; Santiago Alvarez fut chargé de l’agitation et de la propagande et Antonio Nuñez Balsera Santiago nommé secrétaire à l’organisation. L’organigramme était complété par Agustin Zoroa Sánchez Darío nommé secrétaire militaire et José Isasa Olaizola Fermin nommé responsable de l’Agrupación Guerrillera de la zona centro avec comme adjoint Pablo Sanz Robles Paco El Catalán.
Début août 1945 Sebastian Zapiráin Aguinaga était arrêté avec Santiago Alvarez Gómez ainsi que 70 autres militants C’est Agustin Zoroa Sánchez Darío qui tout en poursuivant son mandat militaire devint alors le secrétaire général du PCE.
En mai 1946 Sebastian Zapiráin fut traduit devant un conseil de guerre et condamné à 20 ans de prison tandis que Santiago Alvarez écoppait de 18 ans. Tous deux ont été libérés respectivement en 1956 et 1954 et ont quitté l’Espagne.