Selon Garcia Rua, Francisco San Gil Flores Chato avait été pendant la guerre aide de camp du général Rojo dont il aurait rapporté les faits et gestes à la CNT.

Il fut arrêté à Madrid en septembre-octobre 1945 et emprisonné. Puis, toujours militant de la fédération locale de Madrid de la CNT, Francisco San Gil Flores avait participé depuis l’extérieur et avec Carmelo Abad et Francisco Arias aux préparatifs de la grande évasion de militants libertaires de la prison d’Ocaña du 8 mai 1948. Il fut arrêté le 16 mai alors qu’il s’apprêtait à passer en France.

En 1983 Francisco San Gil Flores était le trésorier du Comité national de la CNT dont le secrétaire était Antonio Perez Canales.