Après la guerre civile Francisco Bajo Bueno, membre de la FIJL et de la FUE avait été arrêté et condamné à douze ans et un jour de prison. En mars 1944 Francisco Bajo Bueno était membre du Comité National de la CNT dont le secrétaire était Manuel Amil Barciá et qui comprenait également Gregorio Gallego García, Eduardo de Guzmán, Celedonio Pérez Bernardo, Aquilino Padila, Hilario Gil, Cecilio Rodríguez García, José Exposito Leiva, Pedro Ameijeiras Blanco, Francisco Royano Fernández et Manuel Fernández. En juillet 1944 au plenum de La Jarama, il était nommé secrétaire du Comité Péninsulaire de la FIJL de tendance collaborationiste. Les autres membres de ce CP étaient : Marciano Sigüenza, vice secrétaire et organisation, Crisantos Abellán, propagande et trésorerie, Pedro Nieto, délégué des Jeunesses du Centre.

Il a fait également partie du Comité National nommé au plenum de Carabaña (13-18 juillet 1945) dont le secétaire était César Broto Villegas et qui comprenait Genaro Atienza Diez, Ramón Rufat Llop, Mariano Trapero Pozas, Ramón Remacha Muñoz et Antonio Barranco Hanglin. La quasi totalité de ce CN était arrêté à Madrid entre le 2 et le 20 octobre 1945. Francisco Bajo Bueno qui était également secrétaire du Comité régional Centre de la CNT avait été arrêté le 6 octobre. Il a été condamné le 21 mars 1947 à vingt ans de prison et interné à Alcala de Hénarés.