Juan Hernandez Perez avait commencé à militer au syndicat CNT du verre de Barceone dès son adolescence du temps de Martinez Anido. Dans les dernières années de la dictature de Primo de Rivera il avait été l’un des organisateurs de la section du « verre plat » (vidrio plano) du syndicat CNT du verre de Barcelone.
Pendant la République et pendant la guerre, il fut le secrétaire des groupes de défense confédéraux de Barcelone.
Exilé en France lors de la retirada, il revint clandestinement à Barcelone où il fut arrêté et emprisonné. Remis en liberté conditionnelle, il était une nouvelle fois l’objet de persécutions et passait définitivement en France où il s’installait dans la Loire. Juan Hernandez Perez est décédé à Saint Victor sur Rhins (Loire) le 15 mars 1950 d’une crise cardiaque.

Son frère José Hernandez Perez était également militant libertaire.