Fin 1939, Manuel Guillen Burgos avait été nommé secrétaire du Comité régional clandestin de la CNT du Levant, lors d’une réunion tenue au quartier de Torrefiel chez le compagnon Isidro Sanchez Sanz et à laquelle avaient participé des délégués des quartiers de Torrefiel, de Vega Alta, de Rizafa et des syndicats de l’alimentation, de l’eau, du gaz et de l’électricité. Les autres membres du CR étaient Isidro Guardia Abella (secrétaire à l’organisation) et Antonio Martinez Quiles (Trésorier).
Suite à l’infiltration par la police en 1940 d’Emilio Calvo Melo, tout le CR était arrêté en juin 1940 ainsi qu’une trentaine de militants des Jeunesses Libertaires et de la CNT, accusés d’avoir diffusé un Manifeste rédigé par Francisco Ponzan Vidal et ammené en Espagne par Agustin Remiro Manero. Manuel Guillen Burgos a été traduit devant le conseil de guerre qui s’est ouvert à Valence le 8 novembre 1941. Il a été condamné à mort avec neuf autres des accusés, dont trois –Angel Tarin Haro, Enrique Goig Tostado, Entique Escobedo Vaello – seront exécutés le 19 novembre 1941. En janvier 1942, les autres peines de mort étaient commuée en peines de 30ans et Manuel Guillen Burgos était interné à San Miguel de los Reyes.