Dans les années 1940 Juan Aguilar Mompart était membre du groupe d’action de Joaquin Pallarés Tomás qui avait constitué parallèlement le premier Comité régional de la Fédération Ibérique des Jeunesses Libertaires (FIJL) de Catalogne.
Arrêté le 8 mars 1943 avec une douzaine de membres du groupe et condamné à mort le 24 mars, Juan Aguilar Mompart a été garroté le 29 mars à la prison Modelo de Barcelone avec les militants libertaires Joaquin Pallarés Tomás, Francisco Alvarez Rodríguez, Fernando Ruiz Fernández, Benito Saute Marti, Bernabé Argüelles Depaz, Francisco Atares Agustin, José Serra López et Pedro Tresols Meix.