Accusé d’être membre de la Fédération Ibérique des Jeunesses Libertaires (FIJL) et de diffusion de son organe Juventud Libre, Rafael Ruiz Borao avait été arrêté à Saragosse en septembre 1962 avec Eliseo Bayo Poblador et José Ronco Pecina. Tous trois furent transférés au siège de la préfecture de police de Barcelone, via Layetana, où, ils furent torturés pendant 17 jours. Traduit devant le Conseil de guerre célébré à Madrid le 17 novembre 1962, il fut condamné à trois ans de prison tandis qu’Eliseo Bayo et José Ronco avaient été condamnés à 11 ans chacun. Interné au pénitencier de Burgos, Rafael Ruiz Borao, comme Eliseo Bayo, y adhéra au Parti communiste espagnol.

Remis en liberté en 1964 il continua de militer au PCE et surtout au niveau syndical où il fut l’un des fondateurs des Commissions ouvrières (CC.OO) en Aragon. Ses activités clandestines lui valurent d’être arrêté et condamné à plusieurs reprises en 1968, 1969 et 1970.
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